La Declaración de Cusco se redactó en el 11º Congreso ISE, celebrada en Cusco, Perú (2008) y fue adoptado por los miembros del ISE en el 12º Congreso ISE en Tofino, British Columbia, Canadá (2010).

En el marco del decimoprimer Congreso de la Sociedad Internacional de Etnobiología (ISE), más de 500 representantes de comunidades locales, pueblos indígenas y algunos académicos se reunieron en junio del 2008 en Cusco, Perú.  Su meta fue revisar temas de preocupación común a veinte años del Primer Congreso Internacional de Etnobiología y su Declaración de Belém en 1988.

A partir de nuestras perspectivas distintas y, a la vez, unidas, hemos visto que se va profundizando la crisis en torno a la diversidad biocultural y que las tendencias negativas señaladas en la Declaración de Belém van avanzando: Ecosistemas se van desapareciendo, especies se van extinguiendo, culturas se van alterando y destruyendo.  A pesar estas crisis interrelacionadas, hay tendencias emergentes de flexibilidad, resurgimiento, y el retorno a la diversificación donde se encuentran las semillas de la esperanza para elaborar soluciones creativas.   Enfatizamos que estos esfuerzos tienen que seguir el camino señalado por los pueblos indígenas, las sociedades tradicionales y las comunidades locales, mismos que han de concretarse mediante una relación respetuosa con otros actores, incluyendo a los científicos, a los académicos y los centros de investigación.

Sobre la importancia de los pueblos indígenas y locales y sus iniciativas:

Afirmamos que los pueblos indígenas, las sociedades tradicionales y las comunidades locales siguen aportando de manera importante a la creación y conservación de la diversidad biocultural y de los paisajes vivientes que son indispensables para el bienestar y la plenitud de la humanidad entera así como para la existencia de todas las formas de vida del planeta.  Por tanto, hacemos un llamado a que todos reconozcan el gran valor de hacer inversiones significativas en instituciones locales y en la educación, siempre y cuando éstas se orientan de acuerdo a la visión de cada comunidad.  Se necesitan nuevas escuelas y universidades interculturales para transmitir y desarrollar más a fondo los conocimientos y cosmogonías indígenas sobre la agricultura y manejo de recursos naturales, junto con sus propias definiciones sobre el bienestar.  Esto será un paso decisivo para que los pueblos asuman sus derechos y responsabilidades con el fin de manejar más exitosamente las fuerzas internas y externas que están destruyendo el patrimonio biocultural individual y colectivo a nivel mundial.  Al rectificar de esta manera el balance del poder, se vuelven factibles relaciones de respeto mutuo con el fin de promover un cambio positivo, porque facilitarán que el público a nivel global y las instituciones poderosas tengan conocimiento de estos temas y visualicen soluciones prácticas.  Asimismo, podremos generar esfuerzos en colaboración para enfrentar problemas que antes parecían irremediables como: El cambio climático, la crisis energética, la crisis alimenticia, la pérdida de diversidad biológica y cultural, la biopiratería, los impactos negativos de nuevas biotecnologías.  La proliferación de semillas genéticamente modificadas es una preocupación importante, ya que la contaminación genética de especies nativas es irreversible y podría resultar en su desaparición.  Estos problemas han intensificado desde la Declaración de Belém en 1988.

Sobre la adopción de la Declaración de Naciones Unidas sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas:

Celebramos la adopción de la Declaración de Naciones Unidas sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas en septiembre del 2007 como la culminación de una lucha de décadas. Ya que esta declaración establece las mínimas normas internacionales para el respeto, protección y cumplimiento de los derechos de los pueblos indígenas,  sus derechos a ser dueños, a controlar, a desarrollar y mejorar sus tierras y engrandecer sus culturas la endosamos, y exhortamos a la Sociedad Internacional de Etnobiología que la adopte también.  Prometemos aplicarla a todo lo que pretendemos hacer individual y colectivamente y apoyaremos los esfuerzos adecuados que responsabilicen a los gobiernos y a otras instituciones para su implementación integral. Señalamos que el principio fundamental del consentimiento informado, previo y libre es la base para todos los esfuerzos como lo es para todas las iniciativas por parte de agencias externas que pretenden intervenir en comunidades indígenas con el propósito de investigar o hacer proyectos de desarrollo o administración. Asimismo, señalamos la importancia fundamental que otorga la Declaración a la cultura, a la tierra y a los derechos sobre recursos naturales, usos y costumbres y a la autonomía para gobernarse. Además, seguiremos de manera activa a apoyar las iniciativas de los pueblos indígenas a seguir sus propias vías de desarrollo arraigadas en sus valores espirituales, culturales, ecológicos y económicos. También creemos que el espíritu y los principios encarnados en esta Declaración serán de valor incalculable para todos los pueblos del mundo.

Sobre la expansión de las formas participativas para crear el conocimiento:

Hace veinte años emprendimos la labor ardua pero absolutamente necesaria de descolonizar la manera de realizar investigaciones sobre pueblos indígenas y tradicionales y comunidades locales.  Al valorar todo tipo de conocimiento y maneras de saber, y al respetar los derechos de los guardianes del patrimonio biocultural, se podrán lograr importantes avances tanto para la comprensión mutua como para la creación de un futuro más pleno para nuestro planeta. Seguimos luchando para lograr formas de investigación que sean verdaderamente colaborativas y para encontrar la manera de vincular mejor la investigación con la acción transformadora, además de fomentar una comprensión local más amplia sobre el Código de Ética y generar más aportaciones a él. No obstante, ya sabemos con certeza lo suficiente como para reunir a una amplia comunidad de científicos, gobiernos, universidades, ONGs, pueblos indígenas y comunidades locales para revisar nuestro Código de Ética (adoptado en Chiang Rai, Tailandia en 2006) y las experiencias de nuestros miembros y socios, para unirse a nosotros con el fin de fortalecer y divulgar más ampliamente estas iniciativas de investigación e implementación de políticas y prácticas. También celebramos el aumento constante en la realización de investigaciones por parte de expertos indígenas con perspectivas propias y solicitamos que la SIE se esfuerce en alentar la creación de una amplia gama de sociedades cada vez más saludables entre instituciones académicas e iniciativas locales.

Sobre el respaldo a la autodeterminación y a los sustentos vitales:

Nos anima el hecho de que, a pesar de que siga el empobrecimiento y la marginación de las comunidades locales a nivel mundial, a la par de la destrucción de los ecosistemas planetarios, es muy evidente que fuertes movimientos de renovación, orgullo cultura¡ junto con iniciativas decisivas se están generalizando entre los pueblos indígenas y las sociedades tradicionales. Asimismo, las culturas dominantes están cambiando sus actitudes hacia los derechos humanos e indígenas y hacia la importancia de la diversidad. Como miembros de la Sociedad, seguiremos trabajando de una manera atenta a los pueblos locales, sus luchas y valores, y cambiaremos el enfoque de nuestra investigación y divulgación de los conocimientos con el fin respaldar mejor e impulsar estos cambios. Solicitaremos que nuestros miembros y socios documenten y compartan imaginativamente las mejores prácticas y resultados de trabajos realizados con este enfoque. Las iniciativas para mantener sustentos vitales enraizados en valores culturales y ecosistemas saludables son urgentemente necesarias en este momento en que los pueblos indígenas y otros sienten el impacto creciente de la cosificación, la expansión de la economía global, y la extracción y disminución de los recursos naturales.

Sobre un aumento en los alcances y las aplicaciones de la etnobiología:

Hacemos un llamado a que la SIE se esfuerce más para incluir en su membresía y en sus proyectos a gente de todas partes y regiones del mundo, a todo tipo de ecosistema y a todo tipo de interacción entre culturas y su entorno.  Esto puede implicar otorgarle mayor énfasis a los sistemas marinas y costeras, a contextos urbanos y semi-urbanos, a los impactos de la migración, al interés reducida entre los jóvenes por mantener las culturas tradicionales, y a las diferentes relaciones entre seres humanos y animales.